翁同龢是光绪皇帝的老师，朝中帝党之领袖，也是光绪变法维新的主要支持者。然而就在变法开始时，《明定国是》诏颁布的第五天，翁同龢突然被罢职了。一些史料将他被逐的原因归结于慈禧，说由于他支持光绪变法而被慈禧视为眼中钉，赶走翁同龢，等于切掉光绪的臂膀，目的是扼杀变法、迫害光绪。然而，历史的真实情况却不是这样的。历史学家吴相湘根据翁同龢的日记得出结论：赶走翁同龢的不是慈禧，而恰恰是光绪本人。原因很简单：当时光绪已经对他失去信任，并产生了反感。

    首先是当时舆论对翁同龢不利。外界传闻翁同龢与李鸿章、张荫桓受俄国之贿。当时俄国使臣分别私下与李鸿章、张荫桓、翁同龢密商，答应送每人五十万两银子，条件是他们保证中国向俄国借债。在这件事上，翁同龢心存顾忌，没有接受贿赂，但是舆论已哗。交章之下，慈禧和光绪已然相信翁同龢不干净。

    其次，翁同龢自恃为皇帝老师，在光绪面前知无不言，甚至当面反对光绪的意见。光绪皇帝因甲午战败，又有青岛旅大被德俄两国分别强租，迫切感到非变法不能图强，锐意改革，学习西方。而翁同龢仍墨守成规，惹光绪不怿。比如光绪打算在宫里接见外国使臣，翁同龢认为不可。戊戌年农历闰三月二十三日，光绪接受慈禧的指示“今宜专讲西学”，“圣意坚定”。而翁同龢则认为：“西法不可不讲，圣贤义理之学尤不可忘”。他根据这一基本思想为光绪起草的“定国是诏”，没有被通过。

    再次，在对康有为的评价上，翁同龢前后不一。他曾经在光绪面前说康有为胜过他百倍。然而后来，他又对光绪说：“此人（按：指康有为）心怀叵测。”光绪问他：此前你怎么不这么说？翁答：因为最近看了康写的《孔子改制考》才知道的。

    光绪对这位老师不时“发怒诘责”等迹象表明，光绪已经不再宠信翁同龢，准备起用别人取代他了。戊戌年农历四月二十七日，是翁同龢任协揆（即协办大学士）一周年的纪念日，皇帝和太后在此之前也给了他优渥的赏赐。这一天，翁同龢正准备入朝谢恩呢，不料，太监传话：别的人进去，翁某就不要进去了。不一会儿，朱谕下颁：

    “协办大学士翁同龢进来办事多不允协，以致众论不服，屡经有人参奏，且每于召对时，咨询事件任意可否，喜怒见于辞色，渐露揽权狂悖情状，断难胜？枢机之任。本应察明究办，予以重惩，姑念其毓庆宫行走有年，不忍遽加严谴，翁同龢著即开缺回籍，以示保全。钦此。”

    据陈夔龙《梦蕉亭杂记》：这一谕旨有如“霹雳一声，朝野同为震骇”。

    翁同龢本人也觉得非常意外，不敢相信这一事实。第二天中午，翁同龢等候在光绪退朝经过的宫门口，待光绪到来时在道旁叩头，希望事情有所转圜。但是光绪只是回头看了他一眼，却没有说话。翁同龢“黯然如梦”，只好走上了回原籍之路。