作品主要讲述了在东京街头，一群谜一样的吃人怪人“喰种”正在悄悄扩张他们的势力范围。平凡地在大学就读的金木研因惨遭喰种猎食而生命垂危，虽然得到器官移植，但他的器官供给者原本就是喰种，于是他成为了半喰种，命运也就此发生转变。在经历了痛苦的挣扎之后，金木理解了自己喰种的本性，而决定埋葬自己人类的部分，作为一名喰种而生存。在“强大”的最后，他所见到的事物是…

另一方面，董香去参观了想要报考的上井大学，在那里遇到了金木的挚友·永近英良。东京食尸鬼第二季04集「深层」为了得到「枭」的信息，亚门和真户吴绪的女儿晓去了喰种的收容所·考库利亚。在那个设施里收容着SS级的喰种，道纳特·普鲁普拉。东京食尸鬼动画全集改编自石田スイ所创作黑暗奇幻类青年漫画，又译作东京喰种。东京食尸鬼第二季接续青铜树篇中金木研被壁虎折磨头发变白黑化之后的故事，为了追寻嘉纳与真相，金木小队四处奔波，面前皆是一个个难缠的对手。与此同时，金木的身体正在发生异变……