2004年9月，山东女孩孙耀琦背着行囊来到湖南长沙，正值18岁的孙耀琦成为了湖南大学表演系新生。并荣获新丝路模特大赛专业组长沙赛区第一名，湖南省十佳、最佳上镜奖。

2005年荣获《三湘都市报》魅力女孩冠军以及王老吉清热暗疮片代言人选拔大赛冠军、最佳人气奖。同年参演电视剧《一家老小向前冲》，饰演“晓薇”。

2006年孙耀琦正式加盟湖南卫视“快乐购”，20岁的她被快乐购推选为“感恩天使”。2007年孙耀琦开始与湖南卫视的一线主持何炅搭档节目《快乐购》。

2008年出演电视剧《好汉一箩筐》，剧中孙耀琦扮演“川贝格格”。2009年参演《丑女无敌第二季》，饰演“女老师”。2011年出演《新还珠格格》扮演“金琐”并走红。

2012年出演由长城影视股份有限公司出品的古装传奇情感战争剧《隋唐英雄》，该剧中孙耀琦扮演如意公主。11月主演都市职场偶像剧《艾米加油》，剧中她饰演女主角“艾米”。同年3月由浙江长城影视传媒和湖南卫视联合打造的古代宫廷传奇电视剧《太平公主秘史》上映，孙耀琦饰演青年时期的上官婉儿。

2013年7月，孙耀琦凭借在网络剧《我为宫狂》中饰演纯真可爱、对爱情执着的穿越三百年到现代的宫女“琉璃”，孙耀琦因此而获得超高人气。8月孙耀琦颠覆荧屏形象在2013版《武松》中饰演“潘金莲”，被网友成为“最萌潘金莲”。